این مجموعه که شامل نسخه‌های خطی به زبان‌های عربی و فارسی است، به موضوعات مختلفی از جمله فلسطین، رد یهود و ردیه‌نویسی توسط یهودیان مسلمان شده می‌پردازد.

یکی از کتب خطی نفیس این مجموعه، سروده‌های سیدمجتبی حسینی شیرازی درباره فلسطین است که به خط نسخ در سال ۱۳۶۰ به کتابخانه آستان قدس رضوی اهدا شده است.

از دیگر نفایس این کتابخانه، نسخه خطی هدایه الضالین و تقویه المومنین تألیف علی قلی جدید الاسلام است که به خط نستعلیق شکسته ۱۵ سطری کتابت شده و توسط جلال الدین تهرانی در ۱۳۶۱ هجری شمسی به کتابخانه آستان قدس رضوی اهدا شده است.

دیگر نسخه خطی نفیس این مجموعه، کتاب محضر الشهود فی الرد علی الیهود تألیف حاج بابا بن محمداسماعیل قزوینی است که به خط نسخ ۱۴ سطری در ۱۷۰ برگ نوشته شده است.این مجموعه نسخه‌های خطی، علاوه بر ارزش تاریخی و فرهنگی، می‌تواند منبع ارزشمندی برای پژوهشگران و علاقه‌مندان به تاریخ و فرهنگ اسلامی باشد.